Agarose gel é o método mais comum para a visualização de DNA. Diferentes percentagens de agarose pode ser utilizado , dependendo do tamanho do ADN a ser visualizado . Uma baixa percentagem de agarose , tais como 0,7 por cento , tem a resolução para visualizar os fragmentos grandes de ADN . Uma percentagem mais elevada , tal como de 2 por cento , é frequentemente utilizado para visualização de pequenos fragmentos de DNA . Para visualizar o ADN , o brometo de etídio é frequentemente utilizado , uma vez que se intercala com o ADN e fluoresce em luz UV .
Poliacrilamida
géis de poliacrilamida são utilizados para os fragmentos de DNA separados tão pequenas quanto 10 pares de bases até 1 kb. Estes geles possuem um pequeno intervalo de separação , mas com uma elevada resolução . No entanto , eles também são mais complicados de preparar . É também possível colocar grandes quantidades de DNA , sem afectar a resolução . Tal como acontece com agarose, brometo de etídio é frequentemente usado para visualizar os fragmentos de DNA , mas de poliacrilamida pode saciar a fluorescência , o que dificulta a visualização de pequenas quantidades de DNA.
Pulse- campo
Esta forma de eletroforese é usada para separar as grandes moléculas de DNA e é frequentemente utilizado para a genotipagem . Grandes fragmentos de DNA migram a uma taxa similar. Pode ser difícil, por isso , para resolver diferentes bandas . Eletroforese Pulse- campo alterna o campo elétrico . Isto permite uma maior separação e resolução do DNA.
Capilar
Eletroforese capilar é um método rápido e sensível para a separação de DNA. Pequenas quantidades de DNA pode ser resolvido . O ADN pode ser visualizado com marcação fluorescente ou usando luz UV .
Desnaturação
A separação de DNA pode ser complicada pela sua estrutura . É possível utilizar ureia e formamida a destruir a estrutura de abaixamento do ponto de fusão do DNA . Isto pode ser utilizado em ambas as agarose e gel de poliacrilamida .
Considerações
O método de electroforese seleccionado vai depender do tamanho dos fragmentos de ADN a ser separados . Como o DNA será usado após a separação também irá determinar o método final.