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Como o HICV e o relacionado?

Hi-C e técnicas relacionadas são um grupo de métodos de captura de conformação cromossômica usados ​​para estudar a organização espacial do genoma.

Essas técnicas medem a frequência das interações físicas entre diferentes regiões do genoma, fornecendo insights sobre a estrutura da cromatina de ordem superior e as interações regulatórias de longo alcance. Aqui estão algumas técnicas comumente usadas de Hi-C e relacionadas:

1. Hi-C (captura de conformação de cromatina de alto rendimento):
Esta é a técnica Hi-C original e mais amplamente utilizada. Envolve reticulação de segmentos de cromatina em interação, fragmentação do DNA e, em seguida, ligação dos fragmentos de DNA. Os fragmentos ligados são então sequenciados e os dados resultantes são usados ​​para gerar um mapa de interação genômica ampla.

2. 5C (captura da conformação cromossômica circular):
Esta técnica é semelhante ao Hi-C, mas utiliza um método de preparação de biblioteca diferente que resulta em fragmentos de DNA circularizados. A circularização permite uma captura mais eficiente de interações de longo alcance e pode fornecer dados de maior resolução em certas regiões do genoma.

3. ChIA-PET (análise de interação da cromatina por sequenciamento de tags paired-end):
Esta técnica combina imunoprecipitação da cromatina (ChIP) com Hi-C para identificar as interações de longo alcance associadas a proteínas específicas ou modificações de histonas. Pode ser usado para mapear as interações de fatores de transcrição específicos ou outras proteínas reguladoras com seus genes alvo.

4. PLAC-seq (sequenciamento de cromatina assistido por ligação de proximidade):
Esta técnica utiliza ligação de proximidade para capturar fragmentos de DNA em interação antes do sequenciamento. Ele permite a detecção de interações em uma resolução mais alta em comparação aos métodos Hi-C tradicionais e pode fornecer informações sobre a orientação das sequências em interação.

5. Capturar Hi-C:
Esta técnica emprega sondas de RNA biotinilado para enriquecer as interações entre regiões genômicas específicas de interesse. Ao projetar sondas que têm como alvo loci específicos, o Capture Hi-C permite a análise direcionada de interações genômicas de maneira específica da região.

Cada uma dessas técnicas fornece informações valiosas sobre a organização tridimensional do genoma e contribuiu para a nossa compreensão da regulação genética, da dinâmica da cromatina e da arquitetura nuclear. A escolha da técnica muitas vezes depende da questão específica da pesquisa e do nível desejado de resolução e mapeabilidade.