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O acoplamento ventilação-perfusão significa que mais sangue flui pelos alvéolos funcionais do que pelos não funcionais?

Sim.
O acoplamento de ventilação-perfusão significa que há uma correspondência entre ventilação e perfusão nos pulmões. Isso significa que mais ar flui para áreas dos pulmões com maior fluxo sanguíneo e menos ar flui para áreas dos pulmões com menor fluxo sanguíneo. Essa correspondência garante que o oxigênio do ar seja entregue de maneira eficiente ao sangue e que o dióxido de carbono do sangue seja removido de maneira eficiente.